1920 m. kovo 11 dieną, toli už Lietuvos ribų, karo pabėgėlių Šimkūnų šeimoje gimė dukrytė, kuriai tėvai padovanojo Eugenijos vardą. Pranas Šimkūnas buvo vaistininkas, jo žmona – Olga Lebedeva-Šimkūnienė – medicinos sesuo. Pasibaigus I Pasauliniam karui ir Lietuvos valstybei pradėjus kurtis, Šimkūnai, kartu su keliomis kitomis lietuvių šeimomis, išskubėjo į Lietuvą. Kadangi Pranas Šimkūnas buvo kilęs iš Tauragnų apylinkių, nusprendė grįžti į gimtinę, čia įsigijo žemės ir Tauragnuose įsteigė vaistinę.
Būsima gydytoja, žolininkė, etnografė, habilituota gamtos mokslų daktarė Eugenija Šimkūnaitė išaugo nuostabios gamtos apsuptyje, be to, nuo mažų dienų labai daug sužinojo apie vaistažoles. Jos tėtis ne tik jas augino, bet ir supirkdavo iš kitų žmonių, ruošdamas natūralius vaistus.
Ji baigė Tauragnų pradinę mokyklą, paskui įstojo į Utenos gimnaziją. Pabaigusi gimnaziją nusprendė sekti tėčio pėdomis ir 1937 m. pradėjo farmacijos studijas Vytauto Didžiojo universitete Kaune. Dar būdama studentė ji pradėjo darbuotis Tauragnų vaistinėse bei asistente Vilniaus farmakognostiniame sode.
Karas paliko gilias žaizdas. 1944 m. prie Tauragnų vyko aršūs mūšiai, artilerijos sviediniai pataikė ir į Tauragnų vaistinę bei ją sudegino. Žuvo ir Šimkūnas, o jo žmona buvo kontūzyta. Taip pat karo metu buvo sunaikintas ir farmakognostinis sodas Vilniuje.
Eugenija labai apsidžiaugė, kai jai atsivėrė galimybė dirbti Kauno Botanikos sode jaunesniąja moksline bendradarbe, čia ji galėjo ruošti disertaciją, kurios tema buvo augalas valerijonas. 1952 m. Eugenija Šimkūnaitė apgynė disertaciją ir įgijo biologijos mokslų daktarės laipsnį. Jos disertacijos tema – „Valerijono kultūra Lietuvoje“. Dar po keleto metų Eugenija pasinaudojo galimybe išvažiuoti dirbti į Kazachstaną. Ji to labai norėjo, nes siekė daugiau sužinoti apie vaistinius Vidurinės Azijos augalus. Darbinė praktika Kazachstane tęsėsi porą metų, bet per juos mokslininkė įgijo labai vertingų žinių. Lietuvoje ji netrukus tapo Vaistažolių skyriaus prie Farmacijos valdybos vadove.
Eugenija nenutraukė mokslinės veiklos ir 1971 m. apsigynė dar vieną disertaciją biologijos srityje (sovietmečiu reikėjo apsiginti dvi disertacijas, jei norėjai gauti daktaro laipsnį, nes už pirmąją buvo suteikiamas tik kandidato laipsnis). Šįsyk disertacijos tema buvo Lietuvos vaistažolių resursų tyrimas.
Eugenija Šimkūnaitė parašė labai daug mokslinių publikacijų, vykdė įvairius tyrimus, tačiau labiausiai ją išgarsino asmeninės konsultacijos, pelniusios jai žiniuonės šlovę. Ji mielai patardavo žmonėms, kaip gyventi sveiką gyvenimo būdą, kokias žoleles ir kokiais atvejais dera naudoti. Dar labiau ją išgarsino režisieriaus H. Šablevičiaus dokumentinis filmas „Lietuvos žiniuonė“. Spaudžiama aplinkinių ji išleido net kelias, labai gyva ir įtaigia kalba parašytas patarimų knygas. Šimkūnaitei buvo labai svarbu parodyti, kad žolelės labai gali praturtinti tradicinę mediciną, kad nereikėtų supriešinti šių dviejų dalykų ir skubėti naudoti chemijos preparatus ten, kur galima apsieitai natūraliomis priemonėmis.
Eugenija Šimkūnaitė tvirtai laikėsi principo, kad negalima imti pinigų už ligonių gydymą žolelėmis, sveikatingumo patarimus, nes tai yra Dievo dovana ir kartu didžiulis įsipareigojimas.
Iki pats paskutinių žemiškos kelionės dienų Šimkūnaitė buvo šviesaus proto, labai imli ir aktyvi. 1996 m. pradžioje ji pradėjo negaluoti ir netrukus mirė. Savo kuklų butelį ji paliko Vilniaus farmacininkų sąjungai. Pati Eugenija kartodavo, kad yra labai turtinga, nes jaučia didžiulę žmonių meilę ir dėkingumą, o tai esą kur kas svarbiau nei pinigai.
1997 m. buvo įsteigtas Eugenijos Šimkūnaitės labdaros ir paramos fondas, kuris siekia remti tuos studentus, kurie gilinasi į vaistažoles, tęsia didžiosios gamtininkės tyrimus.
