1990 m. vasario 7 d. buvo išleistas pirmasis kultūrinio savaitraščio (dabar – dvisavaičio) „Šiaurės Atėnai“ numeris. Taigi, leidinio 30-metis sutampa su Nepriklausomos Lietuvos 30-čia laisvės metų.
Vienas iš trijų leidinio įkūrėjų, Saulius Šaltenis, prisimena pačią pradžią: „Sėdėjau pasinėręs Sąjūdyje ir, kaip dabar atsimenu, ateina dviese, Arvydas Juozaitis ir Saulius Stoma, sako, gerai būtų laikraštį pradėti. Tada straipsnius rašinėjau, na, ir jeigu kviečia mane žmonės, turintys sumanymo užuomazgą – kodėl gi ne. Pavadinimą, rodos, pirmas ištarė Stoma. Jis skaitė ir mėgo Milašių. Kas žino, gal Stomienė tą pavadinimą susapnavo – būtų dar gražiau. Prie tokio pavadinimo tiko ir manifestas, išspausdintas pirmame numeryje ir netgi pirmame puslapyje. Aš pats bijau didelių, patetiškų žodžių. Rašė Juozaitis, norėjęs būtent taip pradėti mūsų darbą, ką gi, laikas parodė, kad neapsiriko. Mano paties į manifestą įterpta tik eilutė: „Žmogus – Dievo kibirkštis, gimęs laisvei ir meilei…“ (iš J. Visockaitės interviu, 2015-02-14, „Šiaurės Atėnai“).
Primename pirmajame numeryje išspausdintą manifestą:
Lietuva mums brangi ne vien tik kaip žemė. Per amžius ji buvo ir apaštalas, ir kankinys. Vieniems ji tapo prieglauda ir savąja Jeruzale, kitiems – Šiaurės vakarų kraštu, pražūtingos imperijos provincija. Čia kirtosi keliai, kultūros, amžiai.
Oskaras Milašius kadaise tikėjo, kad Lietuva, jo tolimoji Tėvynė, taps Naujaisiais Atėnais.
Šiandien mes tikime:
kad Atėnai yra ne vien tik istorinės, bet ir šiuolaikinės Europos pradžia;
kad Europas neatskiriama nuo demokratijos, politinių ir pilietinių teisių, laisvo ir atsakingo žmogaus;
kad Lietuva yra pasirengusi grįžti į Europą.
Mes tikime ateitimi, nes laisvė atėjo į mūsų sielas.
Žmonijos ir kūrybos tiesos nušvinta kryžkelėse – susitinkant idėjoms, žmonėms, epochoms. Žmogus sprendžia ir pasirenka gyvenimo tikslą, kurio neturi nei valstybė, nei visuomenė.
Žmogus – Dievo kibirkštis, gimęs laisvei ir meilei.
Mes pasirinkome savo dvasios Tėvynę.
„Šiaurės Atėnai“ buvo formuojami kaip laisvas laikraštis laisviems žmonėms. Tikintiems Lietuvos ateitimi. Jis atvirai teigė Lietuvos atgimimą. Tuo tarpu kiti, Tarybų Sąjungoje ėję kultūriniai savaitraščiai atgimimo pradžioje turėjo permąstyti, kokie jie nori būti, pakeisti ideologinį formatą. Kaip savo magistro darbe rašo Marius Plečkaitis, svarstantis „Šiaurės Atėnų“ fenomeną, „Manifestas pradedamas Lietuvos, kaip per amžius skriaudžiamos ir globojančios šalies įvaizdžiu. Minimas žymus poetas, Lietuvos valstybės diplomatas Oskaras Milašius. Besiremiant Atėnų dvasia skelbiama naujosios, šiuolaikinės-europietiškos Lietuvos tapsmas. Pakankamai atvirai ir drąsiai reiškiamos laisvės atėjimo į dvasią idėjos sukuria intymų manifesto skaitytojo ir rengėjo dialogą, drąsinantį žmogų toliau siekti nepriklausomybės. Politiškai angažuota kalba pabaigoje vis dėlto deklaruoja atsiskyrimą nuo bet kokios ideologijos, ir net nuo pačios valstybės: „Žmogus sprendžia ir pasirenka gyvenimo tikslą, kurio neturi nei valstybė, nei visuomenė.“ Nenorintys kartoti praeities klaidų pirmieji laikraščio redaktoriai (Arvydas Juozaitis, Saulius Stoma, Saulius Šaltenis) nors ir heroizuodami Lietuvą kaip naujuosius Atėnus, tuo pačiu stengiasi būti atsargūs, vartodami makrosąvokas; vietoj to pasiūlo neohumanistinį, žmogaus, kaip individualybės ir nepriklausomos asmenybės, kultą, kuria stiprų ir atsakingą žmogų.
Pirmaisiais leidybos metais „Šiaurės Atėnai“ neturėjo eilinių skaitytojų siųstos poezijos ar prozos skilčių, pasitikima buvo profesionalais. Tai kartu deklaruotų tuo metu itin svarbių visuomeninių aktualijų aptarimą. Talpinti savyje daug įvairios informacijos neleido ir kukli leidinio apimtis (aštuoni puslapiai). Pirmojo numerio (1990 m. vasaris Nr. 1) tiražas buvo įspūdingos penkiasdešimties tūkstančių vienetų apimties, vis dėlto jau metų pabaigoje sumažėjo iki trisdešimt vieno tūkstančio.“
Internete pateikiama tokia leidinio tiražų kaita: 1990 m. – 33 100 egz., 1997 m. – 3000 egz., 2010 m. 1630 egz. 2019 m. pabaigoje deklaruotas didėjantis tiražas – dabar jis siekia apie 4000.
1995 m. „Šiaurės Atėnų“ laikraštis jau buvo šešiolikos puslapių apimties, tačiau su žymiai sumažėjusiu trijų tūkstančių šešių šimtų trisdešimt dviejų numerių tiražu. Savaitraštis yra tapęs „Lietuvos aido“ kultūros priedu. Laikraščio kaitą lėmė pasikeitusi ekonominė sistema, prasidėjusi įnirtingesnė konkurencija tarp kultūros leidinių, brango leidybos procesų įkainiai, augo infliacija. Laikraštyje jau yra spausdinama autorinė kūryba, redaktoriaus pareigas eina muzikologas Linas Paulauskis. Laikraštyje sumažėję politinių realijų, atsiradę daugiau skirtingų temų ir rubrikų. Pirmąjį 1995-ųjų numerį pradeda religijotyrininko Gintaro Beresnevičiaus straipsnis „Senosios religijos mįslės“. Numeryje taip pat spausdinami tekstai „Į kur pakeliui folkloro šventės“, „Medinė kiaulė Lietuvoje“, kiti. Nepriklausomybės laiku svarbi politika vietą užleido kūrybai, religijotyrai. Štai 2000 m. „Šiaurės Atėnų“ puslapių skaičius jau sumažėjęs iki dabartinių dvylikos.
Leidinyje savo straipsnius ir kūrybą spausdino žymiausi mūsų šviesuoliai, literatai, rašytojai, poetai: Gintaras Beresnevičius, Sigitas Parulskis, Jurga Ivanauskaitė, Alfonsas Andriuškevičius, Julius Sasnauskas, Kęstutis Navakas ir kt.
„Šiaurės Atėnai“ – neabejotinai laisvos ir kitokios, nei buvo anksčiau, Lietuvos laikraštis, siekiantis laisvų ir atvirų žmonių auditorijos, siūlantis orientuotis į ateitį ir nekartoti praeities klaidų: būti savarankiškiems ir kritiškiems. Turinys – kūryba ir kritika, orientacija į literatūrą, „Šiaurės Atėnų“ laikraščio vizija – būti laisvos demokratiškos valstybės kultūriniu leidiniu, atspindinčiu aktualiausias visuomenines, kultūrines, žmogaus sielos problemas. „Šiaurės Atėnai“ – tai svarbus atgimimą skelbęs kultūrinis leidinys, dar nepasitraukus Sovietų sąjungai jau besidalinęs drąsia laisvos šalies mintimi. Kintančių „Šiaurės Atėnų“ misija – visuomenės švietimas tuo metu aktualiomis temomis: nuo Nepriklausomybės iki grįžtančio domėjimosi tautos papročiais, religija, moderniąja filosofija.
Nuo 2014 m. leidinio vyr. redaktorė yra Giedrė KIazlauskaitė.
Giedrė Kazlauskaitė taip rašo „Šiaurės Atėnų“ 30-mečiui skirtoje publikacijoje: „Šiandien „Šiaurės Atėnai“ yra virtę dvisavaitiniu laikraščiu (nuo 2015-ųjų), leidžiamu 1 500 tiražu. Paradoksalu, bet esama skaitytojų, kurie prenumeruoja leidinį nuo pat pirmųjų numerių, yra išsaugoję į segtuvus susegtus rinkinius. Šis faktas liudija kultūros saugą – esama kažko, kas tarsi ir nebeturi prasmės interneto eroje, bet negali būti išmetama lengva ranka, nes tai svarbiau už ekonominius pasiekimus. Tai – mūsų visų mentaliteto istorija.
Laikraštis visuomet yra bendruomeninis projektas – jis skirtas tiems, kuriems skaityti ir rašyti būtina taip pat, kaip kvėpuoti. Publikacijų „Šiaurės Atėnuose“ pagrindu išėjo daugybė knygų, formavosi kultūrologijos sąvokos, rutuliojosi humanistinės idėjos. Vyko aistringa polemika, buvo kapojamos tekstų malkos, lėkė žodžių skiedros. Ačiū tiems, kurie dalyvavo šiame svarbiame darbe.“
