1990 m. vasario 14 d. Aukščiausioji taryba patvirtino Kauno Kristaus Prisikėlimo bažnyčios grąžinimą tikintiesiems. Tiesa, procesas buvo ilgas bei sudėtingas, bažnyčia (kuri buvo paversta radijo gamyklos patalpomis) stipriai sugadinta…
1988 m. prasidėjus tautiniam Atgimimui, visuomenė ėmė reikalauti bažnyčią grąžinti tikintiesiems. 1988 m. rugpjūčio 8 d. Kauno Prisikėlimo parapijoje susibūrė iniciatyvinė grupė, išsikėlusi tikslą Tautos šventovę atstatyti. Tais pačiais metais buvo užsakyti pastato bokšto būklės tyrimai, viso pastato ištyrimo ir restauracijos projektas, taip pat įstiklintas bažnyčios bokštas, sutvirtintos metalinės konstrukcijos.
1989 m. kovo mėn. įregistruota Prisikėlimo bažnyčios atstatymo 22 narių Taryba ir jos vykdomasis komitetas. Tarybos garbės pirmininku tapo kardinolas Vincentas Sladkevičius. Tačiau bažnyčios grąžinimas tikintiesiems buvo vis vilkinamas. Bažnyčia Aukščiausiosios tarybos nutarimu tikintiesiems grąžinta tik 1990 m. vasario 14 d. Su tuometiniu susivienijimu „Banga“ buvo pasirašyta sutartis, numatanti, jog „Banga“ laipsniškai perkels savo cechą į naujas gamybines patalpas, savo lėšomis bei ištekliais pastatą sutvarkys ir perduos atstatymo komitetui tokį, koks jis buvo įsikraustant gamyklai. Tai padaryti įmonė įsipareigojo iki 1993 metų. 1990 m. pradėtus darbus iš pradžių finansavo „Banga“, vėliau iš dalies valstybės biudžetas, bet jau 1993 m. „Bangos“ įsiskolinimą rangovui iš savo sąskaitos teko padengti atstatymo komitetui. Radijo gamykla bankrutavo neįvykdžiusi pažado atstatyti šventovę iki pirminės būklės.
1994–1996 m. atstatymo darbai finansuoti vien iš suaukotų lėšų, kurių pakako tik būtiniausiems darbams, turėjusiems apsaugoti pastatą nuo irimo. 1996 m. iš bažnyčios pastato išgabenti paskutiniai atstatymo darbams trukdę gamyklos įrenginiai. 1997 m., sulaukus paramos iš valstybės, darbai paspartėja: prasideda naujas bažnyčios atstatymo etapas. 1997 m. gegužės 10 d. po šv. Mišių mažojoje bažnyčioje parapijos Paminklinėje Kristaus Prisikėlimo bažnyčioje surengiamos gegužinės pamaldos: giedama Švč. Mergelės Marijos litanija. Tų pačių metų gegužės ir birželio mėnesio kiekvieną šeštadienį po vakarinių šv. Mišių mažojoje bažnyčioje čia, prie žiojėjusių langų bei neišardytų perdangų, melstasi dėl šventovės atstatymo.
1997 m. lapkričio 9 d. Paminklinėje Kristaus Prisikėlimo bažnyčioje aukojamos pirmosios šv. Mišios. Jas koncelebruoja arkivyskupas Sigitas Tamkevičius, vyskupai Eugenijus Bartulis, Juozas Preikšas, Rimantas Norvila ir būrys kunigų. Pirmosios šv. Mišios aukotos už mirusius šventovės statytojus bei rėmėjus, prašant Dievo palaimos bei palaikymo gyviesiems.
1998 m. atliekami keturis mėnesius trukę bokšto sutvirtinimo darbai. 2000 m. pasiekiama maždaug tokia pati bažnyčios būklė, kokia buvo 1940 m. ją nusavinant.
Šiandien bažnyčia turi dar vieną ypatingą traukos centrą – liftu galima pasikelti į ant bažnyčios stogo esančią apžvalgos aikštelę. Ant stogo atsiveria nuostabūs Kauno panoramos vaizdai, taip pat ten įrengta koplyčia.
