1940 m. birželio 15 d., sulaužydama tarptautines sutartis ir pasiųsdama per 150 tūkstančių raudonarmiečių, Sovietų Sąjunga okupavo Lietuvos Respubliką. Tiesa, sovietams labai svarbu buvo pademonstruoti pasauliui, kad tai nėra okupacija, bet esą laisvanoriškas lietuvių tautos įsijungimas į sovietinę „šeimą“.
Dar 1939 m. Adolfas Hitleris ir Josifas Stalinas pasirašė Vokietijos ir Sovietų Sąjungos nepuolimo sutartį (Molotovo–Ribentropo paktas) bei 1939 m. rugsėjo 28 d. ją papildė tarpusavio draugystės sutartimis su slaptais protokolais. Iš esmės tai buvo ne kas kita, kaip Rytų Europos valstybių pasidalijimas, kuris priskyrė Lietuvą Sovietų Sąjungos įtakos zonai.
Naudodamasi to meto karo padėtimi ir prisidengdama 1940 m. gegužės 25 d. nota dėl tariamo sovietinių raudonarmiečių grobimo (sovietų bazės, Lietuvos teritorijoje įkurtos remiantis 1939 m. spalio 10 d. savitarpio pagalbos sutartimi), Sovietų Sąjunga atvirai didino spaudimą Lietuvos Respublikai – Sovietų Sąjungos ir Lietuvos pasienyje telkė karines pajėgas. 1940 m. birželio 14 d. 23 val. 50 min. Lietuvos užsienio reikalų ministrui Juozui Urbšiui buvo įteiktas sovietų ultimatumas, kuris reikalavo išduoti teismui vidaus reikalų ministrą Kazimierą Skučą ir Valstybės saugumo departamento direktorių Augustiną Povilaitį, kaip tariamų provokacijų prieš Raudonosios armijos įgulas kaltininkus, sudaryti naują, Maskvai priimtiną vyriausybę, įsileisti į Lietuvos teritoriją neribotą sovietų armijos kontingentą ir dislokuoti ją svarbiausiuose Lietuvos Respublikos centruose.
Tai reiškė Lietuvos Respublikos okupaciją. Sovietų ultimatumo reikalavimai turėjo būti įgyvendinti iki birželio 15 d. 10 val. (9 val. Lietuvos laiku). Valstybės sieną kirtę raudonarmiečiai užpuolė Ūtos (Alytaus apskr.) pasienio užkardą ir nužudė posto sargybos viršininką Aleksandrą Barauską. Į paskutinį posėdį Prezidentūroje susirinkusi Lietuvos Vyriausybė priėmė sovietų ultimatumą, tačiau nepaisant to, birželio 15 d. sovietų kariuomenė užėmė visą kraštą. Prasidėjo Lietuvos okupacija.
Realią valdžią Lietuvoje įgavo iš Maskvos atvykęs sovietų komisaras Vladimiras Dekanozovas. Jau 1940 m. birželio 17 d. sudaryta marionetinė Lietuvos „Liaudies vyriausybė“, nuosekliai naikinusi Lietuvos visuomenę, politines institucijas ir atvėrusi kelią komunistų partijai įsitvirtinti. Pirmiausia A. Merkys buvo priverstas pasirašyti aktą dėl naujos Justo Paleckio vadovaujamos vyriausybės sudarymo. Patvirtinus Vyriausybę, J. Paleckis perėmė Prezidento pareigas, o vyriausybei vadovauti ėmė Vincas Krėvė-Mickevičius. Birželio 18-ąją V. Dekanozovas nurodė vietos komunistams perimti Vidaus reikalų ministeriją ir Valstybės saugumo komitetą – įstaigas, kurias numatyta nedelsiant pertvarkyti į okupacinio režimo represines struktūras, užtikrinančias sklandų aneksijos procesą. Kitą dieną vidaus reikalų ministru buvo paskirtas komunistas Mečislovas Gedvilas, o Valstybės saugumo departamento direktoriumi – LKP CK sekretorius Antanas Sniečkus. Liepos pradžioje komunistai jau sudarė vyriausybės daugumą.
Siekiant sudaryti valdžios legitimumo regimybę ir projektuojant Lietuvos „teisėto įstojimo į SSRS“ planus, liepos 1 d. buvo paleistas Lietuvos Seimas ir paskelbti rinkimai į marionetinį „Liaudies seimą“. Tuo pačiu laiku prasidėjo pirmieji masiniai suėmimai – 1940 m. liepos mėn. suimti ir į Sibirą su šeimomis ištremti buvęs Ministras Pirmininkas Antanas Merkys, užsienio reikalų ministras Juozas Urbšys, vidaus reikalų ministras Kazys Skučas, Valstybės saugumo departamento direktorius Augustinas Povilaitis ir kiti (iki 1940 m. pabaigos suimta per 3 000 asmenų, o iki didžiojo trėmimo 1941 m. birželio 14 – per 6 000 žmonių).
