1869 m. rugsėjo 23 d. Pabudupiuose (Kakšių vls., Ragainės aps.) gimė Jonas Vanagaitis, Mažosios Lietuvos visuomenės kultūros ir politikos veikėjas, spaudos bendradarbis, Tilžės akto signataras.
Baigęs mokyklą, 1900 m. Jonas Vanagaitis pradėjo mokytis raidžių rinkėjo profesijos Martyno Jankaus spaustuvėje Bitėnuose, čia padėjo sudaryti lietuviškų knygų katalogą 1900 m. Paryžiaus pasaulinei parodai. Tais pačiais metais Jonas Vanagaitis buvo pašauktas į Vokietijos kariuomenę. Atlikęs tarnybą, kurį laiką dirbo lietuvių kalbos vertėju Brėmene.
Grįžęs į tėviškę, nuo 1903 m. gruodžio 19 d. Jonas Vanagaitis vadovavo Tilžėje veikusiai Mažosios Lietuvos tautinei draugijai „Birutė“ (iki draugijos uždarymo 1914 m.), dalyvavo daugelio lietuviškų organizacijų veikloje. Tilžėje įkūręs knygyną, rūpinosi spaudos platinimu ir Didžiojoje Lietuvoje. 1904–1905 m. Rusijos imperijoje kilus revoliuciniams neramumams, Jonas Vanagaitis iš Prūsijos slapta tiekė ginklus į Lietuvą ir Latviją.
1905 m. gruodžio 4–5 d. Jonas Vanagaitis kaip Prūsų Lietuvos atstovas dalyvavo Didžiajame Vilniaus Seime. Būtent Jono Vanagaičio siūlymu šis visų kraštų lietuvių suvažiavimas pavadintas seimu.
Jonas Vanagaitis aktyviai bendradarbiavo spaudoje, 1909–1913 m. Tilžėje (ir 1920 m. Klaipėdoje) leido ir redagavo laikraštį „Birutė“, platintą ne tik Mažojoje, bet ir Didžiojoje Lietuvoje, o taip pat išeivijoje JAV. 1910–1912 m. redagavo mėnesinį žurnalą „Allgemeine Litauische Rundschau“, 1913–1914 m. – satyros ir humoro laikraštį „Sūkurys“, rūpinosi knygų leidyba.
Kilus Pirmajam pasauliniam karui, Jonas Vanagaitis buvo vėl pašauktas į kariuomenę, už nuopelnus apdovanotas antro laipsnio Geležiniu kryžiumi.
1918 m. lapkričio 16 d. Jonas Vanagaitis tapo Prūsų Lietuvos tautinės tarybos nariu, to paties mėnesio 30 d. pasirašė Tilžės aktą. Po to, kai 1919 m. birželio 28 d. Versalio taikos sutartimi nuo Vokietijos atskirtas Klaipėdos kraštas buvo perduotas administruoti Antantei, Jonas Vanagaitis 1922 m. lapkričio 3–4 d. Ambasadrių konferencijos posėdyje Paryžiuje palaikė Klaipėdos krašto freištatininkus, tačiau netrukus apsisprendė palaikyti krašto prisijungimą prie Lietuvos Respublikos. 1922 m. gruodžio 18 d. tapo Vyriausiojo Mažosios Lietuvos gelbėjimo komiteto nariu. Tais pačiais metais tapo Lietuvos šaulių sąjungos Klaipėdos XX rinktinės valdybos pirmininku, vėliau daugelį metų buvo jos sekretorius. 1923 m. sausio 19 d. pasirašė Šilutės seimo deklaraciją. 1923 m. sausio 27 d. paskirtas Klaipėdos krašto atstovu Lietuvoje. 1924–1927 m. buvo Klaipėdos miesto tarybos narys. Apdovanotas Klaipėdos krašto išvadavimo medaliu, o 1928 m., minint Lietuvos nepriklausomybės dešimtmetį, – Lietuvos nepriklausomybės medaliu.
1935 m. Jonas Vanagaitis įkūrė „Klaipėdos krašto atvadavimo dalyviams šelpti fondą.“ 1938 m. parengė straipsnių ir atsiminimų rinkinį apie Klaipėdos kraštą „Kovos keliais“ (antras leidimas 2012 m.).
1939 m. kovo 23 d. Klaipėdos kraštą prijungus prie Vokietijos, Jonas Vanagaitis su šeima persikėlė į Kauną, čia Lietuvos Respublikos prezidento dekretu jam ir žmonai buvo paskirta valstybinė pensija.
Artėjant antrajai sovietų okupacijai, 1944 m. Vanagaičiai pasitraukė į Vokietiją. Kaselio-Matenbergo karo pabėgėlių stovykloje Jonas Vanagaitis buvo išrinktas lietuvių stovyklos teismo pirmininku, šias pareigas ėjo iki mirties.
Nesulaukęs septyniasdešimt septintojo gimtadienio, Jonas Vanagaitis mirė 1946 m. rugsėjo 9 d. Matenbergo pabėgėlių stovykloje, Kaselyje, Heseno žemėje. Iškilmingai palaidotas vietos kapinėse, dalyvaujant UNRRA atstovams.
2009 m. rugsėjo 19 d. Jono Vanagaičio ir jo žmonos Marijos Brožaitytės-Vanagaitienės (1881–1946) palaikai, JAV gyvenusių vaikaičių Romo Šležo ir Marijos Kavaliauskaitės-Murphy rūpesčiu, buvo iškilmingai perlaidoti Lietuvoje. Po atsisveikinimo Vilkyškių evangelikų liuteronų bažnyčioje, urnos palydėtos į Mažosios Lietuvos panteonu vadinamas Bitėnų kapines prie Rambyno. Perlaidojimo apeigoms vadovavo kunigas Mindaugas Kairys, giedojo Pagėgių evangelikų liuteronų parapijos choras.
2010 m. liepos 6 d. Klaipėdoje J. Karoso g. 13 (buv. Žalioji g. 2) atidengta Jono Vanagaičio atminimo lenta.
Artėjant Jono Vanagaičio 145-osioms gimimo metinėms, 2014 m. rugsėjį Martyno Jankaus muziejui Bitėnuose perduota didelė dalis Jono Vanagaičio asmeninio archyvo, palikuonių saugoto Jungtinėse Amerikos Valstijose.
